几天后，刚刚当上联军司令长官的袁世凯就发现了一个异常情况：日本联合舰队第一游击队司令坪井航三率领的四艘日本军舰，在完成护送运兵船的任务后并没有回国，而是在吴淞口驻扎了下来，还经常派兵到江面上巡逻。

    为了弄清楚这到底是怎么回事，袁世凯立即约见山县有朋，问道：“山县将军，贵国向我国递交的文件里没有说要派海军来我国，但是现在的情况和文件上写的不一样，请山县将军解释一下。”山县有朋回答：“袁将军，贵国最精锐的海军北洋水师已经归顺唐军，每天都在长江里游弋，而贵国的南洋水师实力远不及北洋水师，根本无法为我国的运兵船提供有效保护，所以我们只能自己派军舰对运兵船进行保护。”袁世凯问道：“你们派军舰保护运兵船无可厚非，但现在贵军已经全部登陆，护航的任务已经完成，贵军的舰船为何没有回国？”山县有朋回答：“天皇陛下考虑到贵国海军实力较弱，无法与唐军抗衡，故任命联合舰队第一游击队司令坪井航三为援华派遣军副司令，率领吉野、浪速、秋津洲、高千穗四艘战舰加入援华派遣军作战序列，以加强联军的水面作战力量，此四舰在大东沟海战中作战勇敢，功勋卓著，此次再来贵国，必能大败唐军与长江之中。”袁世凯听到山县有朋提到了让北洋水师损失惨重的大东沟海战，大为不悦，说道：“山县将军，恕我直言，唐峰的政府和德国人建交，而且唐军擅长在战斗中发扬火力，舰队的炮弹肯定很充足，当年的北洋水师不能与今日的唐军舰队相提并论。更重要的是唐军有一种会飞的怪异武器可以从天上发射炸弹，贵军要多加小心。”山县有朋发现袁世凯生气了，赶紧借故告辞。

    山县有朋走后，袁世凯派人叫来南洋水师提督李成谋和陆军将领段祺瑞，命令他们秘密派出军队向日本军队的驻地布置警戒，一旦发现异常情况立即报告，违者严惩不贷。

    就这样三国两天后，联军内部又发生了一件让袁世凯头疼的事情，事情的原委是这样的，几个日本兵到乡间作恶，抢走了村民家里的鸡和粮食，一个村民上前阻拦竟被他们开枪打死。

    还有一个姑娘遭到日本兵强奸，含恨自杀。日本兵走后，其他村民抬着尸体喊着：“杀人偿命，日本兵滚出中国去。”等口号，进城去找袁世凯告状。

    村民们来到联军司令部门前停了下来，继续高呼口号。卫兵见状赶紧上前询问情况，村民们讲述了事情的经过，求见袁世凯。

    袁世凯收到报告后，亲自出来安抚民众。他说道：“乡亲们，你们的心情我能够理解，给我三天时间，世凯一定给大家一个交代。”回到办公室，袁世凯立即派人请来山县有朋，给他讲了事情的经过，然后问道：“山县将军，这到底是怎么回事？”山县有朋回答：“袁将军，这件事我也是刚刚知道，我回去调查一下，下午给您答复。”当天下午，山县有朋向袁世凯报告：“司令长官，这件事情我查清楚了，是第一联队的五个士兵干的，请司令长官处罚。”袁世凯说道;：“来人，把这几个胡作非为的日本兵拖出去，杀。”一声令下，几个清军士兵冲进房间，两人抓住一名日军往外拖，山县有朋见状说道：“慢。”袁世凯问道：“山县将军，按我国军法，违反军纪者就地正法理所当然，山县将军为何阻拦？”山县有朋说道：“袁将军，我军劳师远征，帮助贵国平定叛乱，现在还未开战，袁将军就下令处决我的士兵，唯恐军心动摇，不利于联军的团结，对下一步迎击唐军的作战也没有好处，请将军阁下网开一面。”袁世凯本想执法如山，处决胡作非为的日军，以防日军日后再惹祸。

    但转念一想，在国家发生叛乱的时候，日本派兵相助，现在还未开战就和日军闹得很僵，一旦唐军得到消息，很有可能趁虚而入。

    就问道：“山县将军打算怎么办？”山县有朋答：“只要不杀，任凭袁将军处置。”袁世凯说：“每人打四十军棍，以示惩戒。”山县有朋表示同意。

    三天后，村民们按照约定，来到联军司令部门前，袁世凯下令将五个胡作非为的日军士兵拖出来当着村民们的面重打四十军棍，但村民们认为袁世凯袒护日军，要求处决杀人凶手，袁世凯解释了半天，村民们就是不买账，山县有朋见状，命令日军对天放枪，以驱散民众。

    这些情况被潜伏在上海的共和军特工发现了，他们立即用加密电报向总部报告情况。

    联军在既合作又互有提防的情况下，准备迎击共和军的进攻。